O sequenciamento de genoma viral, projeções e visualizações por meio de modelos matemáticos, estatísticos e computacionais permitem acompanhar a disseminação de doenças infecciosas como a causada pela infecção pelo vírus SARS-CoV-2, a COVID-19. O monitoramento ativo e contínuo da evolução epidemiológica depende diretamente da vigilância atentando-se às variantes de preocupação, que podem ter maior transmissibilidade, virulência e letalidade que a linhagem original. Neste trabalho, apresentamos os resultados da genotipagem de amostras representativas distribuídas pelas Coordenadorias Regionais de Saúde do município de São Paulo. Os dados disponíveis para quase todo o ano de 2021 possuem informações como a data de coleta, data de primeiros sintomas, limiar Ct do exame de PCR, variante identificada e CEP do endereço de residência.

Na posse desses dados é possível analisar o padrão espaço-temporal da evolução da disseminação da COVID-19 no município de São Paulo por diferentes variantes, com o objetivo de determinar as regiões de surgimento de variantes de preocupação e estimar os padrões de mobilidade que permitam o espalhamento dessas variantes para diferentes locais.

Os dados das amostras recebidas pela Secretaria de Saúde do Município de São Paulo são processados e completados com os resultados do sequenciamento genético por meio da técnica de PCR, determinando a variante identificada em cada uma dessas amostras. Depois, os dados passam por uma filtragem e correções de entradas, como as datas disponíveis e os CEPs. Em seguida, coordenadas geográficas dentro do município de São Paulo são obtidas, e mapas são construídos para mostrar o espalhamento da doença pelo município e a dominância de uma variante sobre a outra.

O espalhamento da doença é visualizado por meio de mapas dinâmicos que permitem acompanhar o surgimento de variantes como a Gamma e a Delta em certas regiões do município, espalhando-se e dominando todo o território depois de um tempo. Com isso, foram identificadas as áreas mais suscetíveis e correlacionadas com os padrões de mobilidade urbana.

A vigilância da emergência e disseminação de variantes de preocupação permite a determinação de pontos chaves do comportamento viral e humano para determinar os locais mais suscetíveis a surtos e espalhamento de linhagens que são mais transmissíveis. Com isso, é possível estudar estratégias melhores para o combate não apenas da COVID-19, mas de outras doenças com padrões de transmissibilidade semelhantes.

FAPESP.

2021/11953-5.