A Metagenomica shotgun utilizando sequenciamento de nova geração (NGS) possibilita detectar patógenos raros e negligenciados na prática clínica. A técnica desenvolvida em nosso laboratório, utiliza o RNA mensageiro presente na amostra para detecção e identificação dos microrganismos.

O objetivo desse estudo foi avaliar o número total de casos testados, porcentagem de positividade e principais patógenos encontrados durante três anos em laboratório de hospital privado terciário.

O RNA total é extraído seguido de digestão do DNA e depleção do rRNA/mtRNA. É então realizada a reação de transcrição reversa em duas etapas com primers randômicos, seguido de amplificação por PCR e preparo de biblioteca. As bibliotecas são sequenciadas usando a plataforma Illumina, e em seguida submetida a análise de bioinformática em pipeline desenvolvido internamente. A interpretação de cada resultado é realizada por time multidisciplinar e quando necessário testes ortogonais confirmatórios são realizados.

Entre janeiro de 2020 até outubro de 2023 foram testados 2373 casos na rotina clínica. Os materiais mais prevalentes foram amostras de plasma e em seguida amostras de liquor. A taxa de positividade geral foi de 21,66%. Os patógenos associados a doenças negligenciadas foram Brucella, arenavirus, leishmania, hantavirus, taenia sp., dengue, chikungunya, monkeypox, vírus da febre amarela, Cladophialophora e hepatite E.

A escassez de métodos diagnósticos para patógenos raros e negligenciados pode levar a subnotificação dessas doenças em diversas partes do mundo. Outro fator é que muitas dessas doenças cursam com quadro clínico semelhante, o que dificulta ainda mais o manejo desses pacientes. O teste de metagenômica demonstrou ser eficiente nesse diagnóstico e as taxas de positividade encontradas em nossa população estão de acordo com outros trabalhos publicados.