A partir do início de 2020, com a pandemia de COVID-19, os processos educacionais foram suprimidos no Brasil, com posterior retorno parcial e gradual às atividades. Os cursos médicos necessitaram de adaptações, como legislações de preparo para situação de emergência em saúde pública, como permitir a antecipação da conclusão do curso e a atuação de alunos na pandemia; e substituir disciplinas presenciais por aulas a distância utilizando-se tecnologias de informação e comunicação. Sociedades médicas emitiram recomendações de reorganização do calendário escolar e individualização das propostas pedagógicas de acordo com a realidade discente, docente e da instituição. Esta comunicação apresenta a experiência em um curso de infectologia para alunos do terceiro e sexto-anos de uma escola médica de universidade pública, federal. A coordenação do curso de infectologia seguiu as diretrizes da universidade para modificações de currículo, com destaque para flexibilidade curricular (2020 e 2021 trabalhados como um só bloco de conteúdo curricular), desenvolvimento de atividades domiciliares especiais, e medidas de segurança como uso de máscaras, higienização de mãos, distanciamento, ventilação dos espaços de aula e desinfecção dos espaços e equipamentos. A construção e utilização do espaço virtual mostrou-se um desafio para discentes e docentes, sendo o distanciamento físico entre estes atores um ponto negativo, sentido especialmente pelos docentes. Também houve remodelamento dos processos avaliativos; ao invés de notas, passou a se usar os conceitos “cumprido” e “não cumprido”, com avaliações síncronas à distância. Outras adaptações moldaram o curso para atividades de discussão de casos clínicos elaborados pelos professores e apresentados pelos alunos, e individualizaram o ensino conforme o momento no curso: enquanto o discente do terceiro ano passou a realizar atividades exclusivamente de forma remota, o do sexto ano passou a realizar atividades nas unidades de internação exclusivas para COVID-19, interconsultas e acompanhamento de pacientes com doenças infecciosas distribuídos pelo hospital. Esta experiência demonstra que diretrizes nacionais e institucionais auxiliam na organização do curso em situações de excepcionalidade, que o apoio ao discente é essencial e que a dificuldade do docente deve ser adequadamente abordada para evitar prejuízos no processo ensino-aprendizagem em infectologia. A avaliação do curso por alunos e professores foi considerada muito boa.