A pandemia pelo novo coronavírus trouxe mudanças no comportamento da população. O impacto do efeito do uso de máscaras, do distanciamento social e das mudanças de comportamento da população sobre a circulação dos agentes etiológicos das meningites é desconhecido.

Descrever os agentes etiológicos em pacientes com meningite da comunidade durante o período de pandemia pelo COVID-19.

Estudo de coorte retrospectiva, de janeiro de 2019 a dezembro de 2021, composta por pacientes com suspeita de meningite, em hospital terciário de ensino, conveniado ao SUS, em Fortaleza, Ceará. A identificação do microrganismo foi por cultura para germes piogênicos, micobactérias, fungos, sorologia e RT-PCR para arbovírus, RT-PCR para SARS-CoV-2, FilmArrayR Meningitis/Encephalitis Panel (Biomérieux) e GeneXpert MTB/RIF (Cepheid).

Foram atendidos no hospital 721 casos suspeitos de meningite durante o período, e analisados 201 pacientes (28% do total). Em 143 (68%) houve confirmação de meningite. Cultura para germes piogênicos foi realizada em 92 (64%) pacientes, e os microrganismos encontrados foram: Cryptococcus sp. (n = 3; 3%), S. pneumoniae (n = 3; 3%), S. aureus (n = 1; 1%), S. suis sorotipo I (n = 1; 1%), S. agalactiae (n = 1; 1%), N. meningitidis grupo C (n = 1; 1%), K. pneumoniae (n = 1; 1%), L. monocytogenes (n = 1; 1%) e Corynebacterium jeikeium (n = 1; 1%). A cultura para fungos (Cryptococcus) foi positiva em 10 pacientes. A cultura para micobactérias foi realizada em 34 (24%) pacientes, com 2 (6%) positivas. O PCR Multiplex foi realizado em 105 (73%) pacientes, com identificação de S. pneumoniae (n = 16; 15%), N. meningitidis (n = 13; 12%), Vírus Varicela-Zoster (n = 8; 8%), Cryptococcus sp. (n = 7; 7%), Citomegalovírus (n = 6; 6%), Enterovírus (n = -5; 5%), HSV-1 (n = 3; 3%), HSV-2 (n = 2; 2%), S. agalactiae (n = 2; 2%), Haemophilus influenzae (n = 1; 1%), Herpesvírus 6 (n = 1; 1%) e Listeria monocytogenes (n = 1; 1%). Houve coinfecção em 3 pacientes. O RT-PCR para M. tuberculosis (MTB) foi realizado em 51 (36%) pacientes, com detecção em 13 pacientes (25%). No período estudado, houve dois casos de meningite por SARS-CoV-2 (2%).

Identificaram-se uma ampla variedade de agentes etiológicos em circulação durante a pandemia. Apesar de S. pneumoniae e N. meningitidis terem sido os agentes mais frequentes, destacou-se a variedade de vírus. Foi relevante o incremento no diagnóstico das meningites pelos métodos moleculares em comparação com as culturas. Casos de meningoencefalite por COVID-19 foram identificados.