Apesar do predomínio do SARS-CoV-2 como etiologia das infecções virais em adultos durante o ano de 2020, outros agentes infecciosos podem fazer parte do diagnóstico diferencial. O objetivo deste estudo foi descrever a prevalência dos patógenos respiratórios em adultos internados em dois hospitais no sul do Brasil durante a pandemia e comparar os desfechos de gravidade na internação entre participantes com diagnóstico de COVID-19 comparado com outros agentes infecciosos.

Participantes adultos (> 18 anos) hospitalizados com sinais agudos de tosse, febre ou dor de garganta foram recrutados prospectivamente entre maio e novembro de 2020, e seguidos até o final da internação. A técnica de RT-PCR foi utilizada para detecção de SARS-CoV-2 e demais agentes infecciosos. Para SARS-CoV-2 foram coletados swabs oro e nasofaríngeo bilateral tendo como alvos os genes S, N e ORF1ab. Outro swab nasofaríngeo foi coletado para realização de painel respiratório através sondas de expressão gênica que avaliou a presença de: Bordetella pertussis; Chlamydophila pneumoniae; Mycoplasma pneumoniae; adenovírus; bocavírus; coronavírus tipos HKU1, 229E, NL63 e OC43; vírus influenza A tipos H1 e H3; vírus influenza B; enterovírus; metapneumovírus; vírus parainfluenza tipos 1, 2 e 3; RSV tipos A e B; e rinovírus. Todas as amostras foram analisadas no Laboratório de Biologia Molecular do Hospital Moinhos de Vento.

Foram incluídos 156 participantes, sendo a maioria homens (57,1%) com idade mediana de 58 anos. A mediana de dias de sintomas foi 8 dias. O SARS-CoV-2 foi o agente mais prevalente, sendo detectado exclusivamente em 101 (65.0%) de 156 participantes, seguido pela detecção única de rinovírus (4,0%, 6/154). A codetecção desses dois agentes ocorreu em 28 (18,0%) dos 154 participantes. Os demais patógenos (adenovírus, coronavírus HKU1 e enterovírus) foram detectados em 5 participantes. A comparação dos desfechos de gravidade (uso de oxigênio suplementar, ventilação mecânica invasiva e óbito) não apresentou diferença quanto à codetecção versus detecção exclusiva de SARS-CoV-2 (60,7% (17/28) vs 62,4% (63/101), P = 1,00; 21,4% (6/28) vs 15,8% (16/101), P = 0,57; 7,1% (2/28) vs 5,9% (6/101), P = 0,68).

O SARS-CoV-2 foi o principal patógeno detectado seguido pelo rinovírus, com uma importante queda na detecção de outros patógenos. A detecção de rinovírus simultânea ao SARS-CoV-2 não foi associada a maior gravidade.