Escherichia coli, apesar de ser um comensal comum do intestino, pode causar infecções extraintestinais, tratadas frequentemente com ciprofloxacina. O principal mecanismo de resistência à ciprofloxacina (CIP) é mediado por mutações nos genes cromossômicos gyrA e parC, porém determinantes plasmidiais de resistência a fluoroquinolonas (DPRF) também desempenham papel importante na disseminação e aumento da prevalência de amostras resistentes a este fármaco.

Determinar a prevalência de amostras de E. coli carreadoras de determinantes de virulência e resistência à ciprofloxacina e as variáveis associadas a esta colonização, em indivíduos na comunidade do Rio de Janeiro. Métodos: Espécimes fecais foram obtidos de indivíduos atendidos em três unidades de saúde do Rio de Janeiro entre 2015-2019. Dados clínico-demográficos foram coletados por meio de questionário. Amostras fecais foram semeadas em ágar MacConkey e identificadas por MALDI-TOF-MS. A susceptibilidade a 15 antimicrobianos foi determinada por disco-difusão (CLSI, 2020). Definimos multirresistência por resistência a ao menos um antimicrobiano em três classes. Detectamos genes DPRF e de virulência por PCR. Mutações em gyrA e parC e a variante aac(6’)-Ib-cr foram identificadas por sequenciamento. Realizamos análises estatísticas por teste do qui-quadrado ou exato de Fisher (p < 0,05).

Dentre as 623 amostras de E. coli identificadas, 13% eram MDR, 9% resistentes à CIP e 7% carreadoras de DPRF. Em relação aos demais antimicrobianos, as maiores taxas de resistência foram observadas para: ampicilina (26%), sulfametoxazol-trimetoprim (19%), cefazolina (14%) e cefotaxima (8%). A concentração inibitória mínima de CIP variou de 0,008 a 256 µg/mL. A prevalência de mutações em gyrA e parC foi de 47% e 40%, respectivamente. Os filogrupos mais frequentes foram o A ou C (49%), B2 (16%) e B1 (14%). Os genes de virulência mais frequentes foram fimH (98%), fyuA (69%) e RPai (64%). Dentre as amostras dos filogrupos B2, D/E ou F, 59% foram classificadas como E. coli patogênica extraintestinal (ExPEC). O uso de antimicrobianos (fluoroquinolonas e beta-lactâmicos) e ser profissional de saúde foram associados à colonização intestinal por amostras de E. coli resistentes à CIP (p < 0,01).

A presença de amostras ExPEC, resistentes à CIP e carreadoras de DPRF na microbiota intestinal podem representar uma ameaça pela possibilidade de causarem quadros infecciosos de difícil tratamento.