As alterações de um genoma viral, como do SARS-CoV-2, podem desencadear a geração de diferentes variantes virais. Tais variantes podem, por exemplo, apresentar alterações na infectividade e resultar em diferentes espectros de desfechos da doença, de leve a grave e inclusive o óbito.

Caracterizar geneticamente as linhagens de SARS-CoV-2 circulantes na região do Recôncavo da Bahia, em 2022.

As amostras nasofaríngeas de pessoas com sintomas gripais foram coletadas e confirmadas no diagnóstico da COVID-19, por RT-qPCR. Foram sequenciadas 32 amostras. O critério de inclusão para o sequenciamento foi considerado as amostras positivas com ciclo de limiar (Ct) abaixo de 30. As bibliotecas foram preparadas usando o COVIDSeq Test (Illumina, Cat. n° 20043675 e 20043137) com o conjunto de primers ARTIC V4. O sequenciamento paired-end foi realizado com Illumina MiSeq (Illumina, Cat. no. SY-410-1003) com um comprimento de leitura de 150 pb. Os arquivos FASTQ foram submetidos ao pipeline com pequenas modificações. A montagem foi realizada por Burrows-Wheeler Aligner (BWA) v.0.7.17 usando o número de acesso NCBI GenBank. MN908947.3 como a referência do genoma.

Todas as linhagens observadas foram derivadas da VOC Omicron GRA (B.1.1.529+BA.*). Das 32 amostras de RNA viral sequenciadas, 21 foram de mulheres e 11 homens. Nas amostras deste estudo observou-se a presença de 17 linhagens, com a seguinte distribuição: em fevereiro BA.1 (33,3%; 1/3), BA.1.1 (33,3%; 1/3) e BA.1.5 (33,3%; 1/3), em maio BA.2 (100,0%; 2/2), em junho BA.2 (14,3%; 1/7), BA.4 (28,6%; 2/7), BA.4.1 (28,5%; 2/7), BA.5.1 (14,3%; 1/7) e BA.5.2.1 (14,3%; 1/7), em novembro XBB.3 (7,7%; 1/13), BQ.1.1 (30,8%; 4/13), BQ.1.1.16 (7,7%; 1/13), BQ.1.1.28 (23,0%; 2/13), BQ.1.1.31 (7,7%; 1/13), BQ.1.2 (7,7%; 1/13), BQ.1.23 (7,7%; 1/13), BE.10 (7,7%; 1/13) e em dezembro BQ.1.1 (57,1%; 4/7), BQ.1.23 (28,6%; 2/7) e DL.1 (14,3%; 1/7). Observou-se que a maior variabilidade genômica ocorreu nos meses de junho e novembro de 2022, coincidindo com um número elevado na circulação de pessoas, devido às festividades juninas e período eleitoral.

Este estudo demonstra a grande variedade de linhagens virais circulantes no Recôncavo da Bahia, durante 2022. Ressalta-se a importância do monitoramento e vigilância da COVID-19, pois a disseminação do vírus pode desencadear o surgimento de novas variantes, o que pode inferir em agravamentos da doença.