Journal Information
Vol. 27. Issue S1.
XXIII Congresso Brasileiro de Infectologia
(October 2023)
Share
Share
Download PDF
More article options
Vol. 27. Issue S1.
XXIII Congresso Brasileiro de Infectologia
(October 2023)
Full text access
CARACTERIZAÇÃO GENÔMICA DE LINHAGENS DO SARS-COV-2 CIRCULANTES NA REGIÃO DO RECÔNCAVO DA BAHIA, BRASIL, EM 2022
Visits
664
Jeiza Botelho Leal Reis
Corresponding author
jeiza.reis@ufrb.edu.br

Corresponding author.
, Sibele de Oliveira Tozetto Klein, Isabella de Matos Mendes da Silva, Rebeca da Luz Vitória, Fernando Vicentini, Jorge Sadao Nihei, Flaviane Santos de Souza, Hermes Pedreira da Silva Filho
Universidade Federal do Recôncavo da Bahia (UFRB), Cruz das Almas, BA, Brasil
This item has received
Article information
Special issue
This article is part of special issue:
Vol. 27. Issue S1

XXIII Congresso Brasileiro de Infectologia

More info
Introdução

As alterações de um genoma viral, como do SARS-CoV-2, podem desencadear a geração de diferentes variantes virais. Tais variantes podem, por exemplo, apresentar alterações na infectividade e resultar em diferentes espectros de desfechos da doença, de leve a grave e inclusive o óbito.

Objetivo

Caracterizar geneticamente as linhagens de SARS-CoV-2 circulantes na região do Recôncavo da Bahia, em 2022.

Métodos

As amostras nasofaríngeas de pessoas com sintomas gripais foram coletadas e confirmadas no diagnóstico da COVID-19, por RT-qPCR. Foram sequenciadas 32 amostras. O critério de inclusão para o sequenciamento foi considerado as amostras positivas com ciclo de limiar (Ct) abaixo de 30. As bibliotecas foram preparadas usando o COVIDSeq Test (Illumina, Cat. n° 20043675 e 20043137) com o conjunto de primers ARTIC V4. O sequenciamento paired-end foi realizado com Illumina MiSeq (Illumina, Cat. no. SY-410-1003) com um comprimento de leitura de 150 pb. Os arquivos FASTQ foram submetidos ao pipeline com pequenas modificações. A montagem foi realizada por Burrows-Wheeler Aligner (BWA) v.0.7.17 usando o número de acesso NCBI GenBank. MN908947.3 como a referência do genoma.

Resultados

Todas as linhagens observadas foram derivadas da VOC Omicron GRA (B.1.1.529+BA.*). Das 32 amostras de RNA viral sequenciadas, 21 foram de mulheres e 11 homens. Nas amostras deste estudo observou-se a presença de 17 linhagens, com a seguinte distribuição: em fevereiro BA.1 (33,3%; 1/3), BA.1.1 (33,3%; 1/3) e BA.1.5 (33,3%; 1/3), em maio BA.2 (100,0%; 2/2), em junho BA.2 (14,3%; 1/7), BA.4 (28,6%; 2/7), BA.4.1 (28,5%; 2/7), BA.5.1 (14,3%; 1/7) e BA.5.2.1 (14,3%; 1/7), em novembro XBB.3 (7,7%; 1/13), BQ.1.1 (30,8%; 4/13), BQ.1.1.16 (7,7%; 1/13), BQ.1.1.28 (23,0%; 2/13), BQ.1.1.31 (7,7%; 1/13), BQ.1.2 (7,7%; 1/13), BQ.1.23 (7,7%; 1/13), BE.10 (7,7%; 1/13) e em dezembro BQ.1.1 (57,1%; 4/7), BQ.1.23 (28,6%; 2/7) e DL.1 (14,3%; 1/7). Observou-se que a maior variabilidade genômica ocorreu nos meses de junho e novembro de 2022, coincidindo com um número elevado na circulação de pessoas, devido às festividades juninas e período eleitoral.

Conclusão

Este estudo demonstra a grande variedade de linhagens virais circulantes no Recôncavo da Bahia, durante 2022. Ressalta-se a importância do monitoramento e vigilância da COVID-19, pois a disseminação do vírus pode desencadear o surgimento de novas variantes, o que pode inferir em agravamentos da doença.

Palavras-chave:
SARS-CoV-2 linhagens Recôncavo da Bahia Variabilidade genômica
Full text is only aviable in PDF
Download PDF
The Brazilian Journal of Infectious Diseases
Article options
Tools