Algumas proteínas do coronavírus desempenham um papel importante na modulação da imunidade inata do hospedeiro, mas poucos estudos foram conduzidos sobre SARS-CoV-2. Neste estudo, examinamos a proteína viral ORF8, que é capaz de mimetizar a IL-17A causando a tempestade de citocinas e, ainda, é potencial inibidora da via de sinalização do interferon tipo I (IFN-1), um componente chave para a resposta antiviral da imunidade inata do hospedeiro. A Orf8 é uma região genômica hipervariável e pouco conservada entre os coronavírus, os quais podem persistir sem uma Orf8 funcional. As mutações na Orf8 do SARS-CoV-2 podem ser preditoras do prognóstico da COVID-19. Assim, o paciente pode apresentar diferentes estágios clínicos da COVID-19.

Analisar retrospectivamente as mutações na Orf8 do SARS-CoV-2 circulante na região central do Rio Grande do Sul, Brasil.

Foram sequenciadas 1449 amostras positivas para SARS-CoV-2 de laboratórios públicos e privados da 4ª Coordenadoria Regional de Saúde do estado do Rio Grande do Sul das semanas epidemiológicas 26/2021 a 17/2023. O sequenciamento foi realizado pela tecnologia MinION ou Illumina iSeq 100 no LABIOMIC. As sequências consenso foram montadas utilizando o protocolo de bioinformática ARTIC nCoV-2019 ou Dragen COVID. Os clados e linhagens foram determinados pelo Nextclade e Pangolim, respectivamente. As mutações na região da Orf8 foram analisadas na plataforma Nextclade.

Das amostras sequenciadas, 75 foram classificadas como Gamma, 293 Delta, 982 Ômicron e 105 recombinantes, destas 67 eram XBB. A mutação E92K foi observada em 97% das sequências Gamma. Todas as Delta possuíam as deleções D119- e D120-. Na Ômicron, 7% das Orf8 possuíam alguma mutação. Foram encontradas as mutações P36L, V62L, E64D, L95F (Delta), V62L, A65S, S67F, F120V, I121L, I121F, T11I (Ômicron) e A65V (XBB). Na literatura, T11I está associada a maior severidade da doença. Já as demais, a uma atenuação dos sintomas da COVID-19. A mutação G8*, que interromperia o processo de transcrição gerando uma proteína truncada, foi observada em 85,6% das XBB. As mutações encontradas aqui, possivelmente abrandaram ou suprimiram os efeitos causados pela ORF8.

Foram encontradas mutações que, hipoteticamente, podem alterar o fenótipo viral e interferir na resposta do hospedeiro. Estudos posteriores são necessários para demonstrar correlação clínica das diferentes evoluções dos casos de covid-19 com essas mutações.