Stenotrophomonas maltophilia é um patógeno oportunista emergente, intrinsicamente resistente à múltiplas drogas, tornando-se um desafio na prática clínica. O objetivo deste estudo foi determinar as características fenotípicas, genotípicas e a estrutura populacional de S. maltophilia isolados de pacientes pediátricos.

Foram incluídos 30 isolados de pacientes atendidos entre 2016 e 2022, os quais foram identificados por método proteômico (MALDI-TOF MS, Bruker®), avaliados quanto ao perfil de suscetibilidade (microdiluição em caldo) e explorados quanto a diversidade genética a partir de dados de WGS (Whole Genome Sequencing).

Do total, 56,7% foram isolados de sangue, 20% de amostras respiratórias e 23,3% de outros materiais. Seis microrganismos foram resistentes ao Sulfametoxazol/Trimetoprima (STX/TM), dois apresentaram concentração inibitória mínima (CIM) ≥8 ug/mL para levofloxacina e, 22, CIM ≥32 ug/mL para ceftazidima. A média do tamanho dos genomas foi de 4,7 Mb, ao longo dos quais, foram identificadas em média, 4.224 sequencias codificantes. A Análise de Identidade média de Nucleotídeos (ANI), útil para verificar a identidade taxonômica entre genomas, variou entre 91,14% e 99,98%, demonstrando elevada diversidade entre os isolados, uma vez que cepas de mesma linhagem apresentam ANI ≥95%. Na análise de MLST (Multilocus Sequence Typing), um total de 27 Sequências Tipo (STs) foram identificados, 12 delas inéditas e depositadas no pubMLST. Um total de 1.914 genes centrais (core genoma) e um amplo genoma acessório (17.840 genes) foram identificados, dados característicos de um pan-genoma aberto com potencial para adaptações. Entre os genes de resistência identificados (≥85% similaridade) destacaram-se: enzimas modificadoras de aminoglicosídeos, bombas de efluxo, beta-lactamases e de resistência a sulfonamida. Entre os isolados resistentes ao STX/TM, três apresentavam o gene sul1 identificado em plasmídeos.

A emergência da resistência ao STX/TM foi uma realidade na coleção de S. maltophilia de pacientes pediátricos, justificada pela presença do gene sul1 em plasmídeos conjugativos com potencial para disseminação da resistência para outros microrganismos. Além disso, foi observado um elevado grau de diversidade genética entre os isolados que foi possível de ser observada com o sequenciamento genômico e justifica cada vez mais seu uso na epidemiologia de microrganismos de interesse clínico.