O vírus da dengue (DENV) é o arbovírus de maior relevância global. Classificado como flavivírus, família Flaviviridae, é um vírus de RNA fita simples e sentido positivo. O DENV é o agente etiológico da febre da dengue, apresentação sintomática caracterizada por febre, cefaléia, mialgia, artralgia e náusea. O DENV é dividido em 4 sorotipos, geneticamente semelhantes e antigenicamente distintos. A infecção por um sorotipo confere imunidade prolongada a este mesmo sorotipo mas temporária contra os demais sorotipos. Por isso, em regiões endêmicas a substituição de sorotipos ocorre de maneira cíclica, em média a cada 4 anos. Este padrão de substituição ocorre em diversos lugares do mundo, porém, mais raramente, um mesmo sorotipo se mantém numa população por mais tempo, fenômeno observado por nós no município de Araraquara-SP. Araraquara é um município de média endemicidade para DENV, e entre 2010 e 2018, o DENV1 foi predominante até que fosse substituído pelo DENV2.

Caracterizar geneticamente as cepas circulantes de DENV1 em Araraquara, de 2015 a 2021, usando sequenciamento do genoma parcial e completo. Com isso, explorar os fatores genéticos e filogenéticos relacionados a esses vírus.

Foram selecionadas 90 amostras de plasma positivas para DENV-1, obtidas de uma coorte de indivíduos de 02-16 anos, acompanhada de 2014 até 2021. RNA foi extraído utilizando o kit comercial RNA viral mini kit 250 (QIAGEN, ALEMANHA) e a viabilidade do material genético viral foi verificada a partir do teste qPCR, genérico para os 4 sorotipos. Os genomas completos foram sequenciados por método de nova geração, com o MinION (Oxford Nanopore, Inglaterra). O sequenciamento somente do envelope foi feito por método Sanger. As análises genéticas e filogenéticas foram feitas utilizando os softwares CLC genomics workbench, mafft e IQTREE2.

Um total de 22 genomas completos e parciais foram obtidos. Na filogenia, os vírus de Araraquara não formam clados monofiléticos, e entre 2015 e 2021, 3 diferentes sub-linhagens do genótipo V circularam no município, pertencentes às linhagens 1 e 2 (L1 e L2)

O achado de 3 linhagens de DENV-1/V em Araraquara, além do agrupamento com amostras de outras regiões, indica a constante reintrodução do sorotipo 1 na região em diferentes períodos. Ainda é cedo para afirmar que a diversidade genética entre as linhagens foi importante para manutenção desse sorotipo no local.