Bactérias gram-negativas são importantes agentes de Infecções Relacionadas a Assistência à Saúde (IRAS), sendo a Klebsiella pneumoniae responsável por 16,9% das infecções de corrente sanguínea no Brasil. É um agente oportunista que ao longo dos anos vem adquirindo inúmeros mecanismos de resistência, sendo a resistência a carbapenêmicos o mais preocupante já descrito para enterobactérias, muitas vezes sem opções terapêuticas. Novas tecnologias precisam ser desenvolvidas para identificação rápida e tratamento destes agentes. Ferramentas diagnósticas e terapeuticas baseadas em aptâmeros tem se mostrado promissoras nos últimos anos, porém ainda limitadas em relação às bactérias Gram-negativas. Aptâmeros são oligonucleoti´deos de fita simples, de alta afinidade e especificidade para qualquer molécula orgânica. Podem ser obtidos in vitro pela técnica SELEX.

O objetivo deste estudo foi desenvolver aptâmeros específicos para cepas de K. pneumoniae com finalidade diagnóstica e terapêutica.

A técnica de seleção de aptâmeros foi adaptada e padronizada utilizando a célula bacteriana inteira (cell-SELEX). As alterações foram embasadas em múltiplos protocolos previamente publicados, sobre os quais fizemos pequenas modificações. Cinco cepas de K. pneumoniae multirresistente proveniente do banco de cepas do laboratório de bacteriologia LIM49, foram utilizadas como alvo. O seguimento de especificidade e afinidade entre os ciclos de seleção foi realizado atraves de citometria de fluxo e PCR em tempo real. Para identificação da sequencia de cada aptâmero foi realizada clonagem e as colônias de E. coli DH5α contendo pGEM carreando o aptâmero foram confirmadas por PCR. Para identificação das sequências dos aptâmeros para K. pneumoniae foi realizado sequenciamento pela tecnologia Sanger.

Neste estudo selecionamos aptâmeros estruturalmente distintos para Klebsiella pneumoniae.

Utilizando citometria de fluxo seriada entre os ciclos de seleção (SELEX) confirmou-se a ligação entre os aptâmeros e a célula inteira de K. pneumoniae mantido até o sexto SELEX. Melhorar o arranjo de seleção atual (SELEX) e desenvolver novas moleculas continua sendo a principal barreira para estudos relacionados a aptâmeros. Mesmo não havendo relatos na literatura de aptâmeros específicos para K. pneumoniae, estes achados melhoram as expectativas no desafio contra a resistência antimicrobiana.