A repercussão da infecção pelo Cryptosporidium sp. em imunossuprimidos pode desencadear quadros crônicos e atípicos. Neste relato, exibimos um caso de criptosporidiose de acometimento gastrointestinal e pulmonar em criança submetida à transplante de medula óssea(TMO) por deficiência de CD40 ligante, também denominada síndrome de Hiper-IgM. Paciente do sexo masculino, atualmente com 12 anos de idade. Apresentou infecções respiratórias de repetição desde os primeiros 6 meses de vida, com necessidade de múltiplos internamentos. Recebeu diagnóstico de deficiência funcional de ligante de CD40 aos 9 anos. Ao diagnóstico apresentava-se emagrecido e com hepatomegalia discreta, além de ecografia abdominal sugerindo colangite esclerosante e biópsia hepática demonstrando aspectos morfológicos compatíveis com colangite biliar secundária. Seu primeiro contato com o serviço de TMO ocorreu aos seus 11 anos, momento em que apresentava quadro de tosse iniciada há uma semana, com nódulos de distribuição centrolobular multifocais e áreas de atenuação em vidro fosco identificados em tomografia de tórax (TC). Foi então iniciado voriconazol de maneira empírica. Paciente interna aos 12 anos de idade para TMO. Em nova TC de tórax apresentou resolução significativa dos nódulos anteriormente presentes. O procedimento foi antecedido por picos febris esporádicos e antibioticoterapia foi iniciada. O TMO ocorreu sem intercorrências, porém foi sucedido imediatamente por síndrome colestática, com valor de bilirrubina total atingindo 14,28 mg/dL em seu pico, às custas de bilirrubina direta, com progressiva melhora a partir do 30° dia após procedimento. Concomitantemente, o evento foi sucedido por novos picos febris diários. No 22° dia após o transplante, durante a investigação etiológica da febre, foi verificada nas fezes do paciente a presença de oocistos de Cryptosporidium sp. Neste mesmo dia, houve o aparecimento de um quadro de tosse produtiva, onde se optou pela análise do escarro dada a suspeita de uma parasitose disseminada. Um dia após a coleta da secreção, confirmou-se também a presença de Cryptosporidium sp. no escarro. Foi iniciado tratamento com nitazoxanida e azitromicina em doses elevadas, havendo melhora nos exames laboratoriais. Paciente recebeu alta hospitalar no 34° dia após o transplante, mantendo uso dos antiparasitários, e permanece em seguimento até o 100° dia no hospital-dia.