Streptococcus pneumoniae é um importante colonizador nasofaríngeo, e potencial causador de infecções graves e invasivas em crianças. Desde 2010, a vacina pneumocócica conjugada 10 (PVC-10) está disponível pelo Programa Nacional de Imunizações. O objetivo deste estudo foi descrever a colonização de S. pneumoniae e identificar outros patógenos durante o primeiro ano da pandemia de COVID-19.

Foram recrutados em um estudo observacional prospectivo, crianças (≤10 anos) em dois hospitais do Sul do Brasil entre maio e novembro de 2020. A presença de sintomas respiratórios (dor de garganta, tosse e febre ≥37,8°C) foram critérios de inclusão dos participantes. Em todas as amostras coletadas foi realizado um painel para identificação de infecções respiratórias por RT-PCR. Nas amostras positivas para S. pneumoniae foi realizada a identificação dos 21 sorotipos mais prevalentes na América Latina. Foram coletadas informações clínicas e dados sobre vacinação.

Foram incluídos 347 participantes, com idade mediana de 3,6 anos (IQR: 1,5-7,2). Colonização pneumocócica foi identificada em 111 (32%) crianças. 43/111 (38.7%) tinham <2 anos, 34/111 (30,6%) entre 2 e <5 anos, e 34/111 (30,6%) tinham mais de 5 anos. 85,9% (298/347) foram previamente vacinadas com pelo menos uma dose, sendo que 82,2% (245/298) recebeu a PCV-10 e 17,8% (53/298) a PCV-13, esta última disponível em clínicas privadas. Foram identificados 78/111 (70,3%) isolados, sendo o mais prevalente o 19A (26,9%, 21/78), presente na PCV-13, seguido dos sorotipos não vacinais: 6C/6D (19,2%, 15/78) e 23A (10,3%, 8/78). Além de uma série de poucos casos positivos para outros sorotipos (43,6%, 34/78). 10,3% (8/78) das crianças estavam colonizados com sorotipos presentes na PCV-10 (5, 7F, 9V, 14 e 23F), enquanto 35,9% (28/78) apresentavam sorotipos da PCV-13 (3, 6A e 19A). Não foram identificados sorotipos em 33/111 (29,7%) das amostras positivas. Foi observada uma associação positiva entre colonização de S. pneumoniae e adenovírus nessa amostra (p = 0,014).

A predominância dos sorotipos 3, 6A e 19A (presentes na PCV-13) na comunidade sugere a sorosubstituição por sorotipos não-vacinais, uma vez que a vacina amplamente disponível para a população brasileira é a PVC-10. A avaliação da prevalência da colonização por S. pneumoniae é fundamental para monitorar o cenário epidemiológico, determinar o impacto da vacinação, e orientar a tomada de decisões em saúde pública.