A cavidade oral é um importante local de entrada e multiplicação de vírus respiratórios, o sistema imune e o microbioma oral atuam como barreiras antivirais. As alterações no microbioma oral podem acarretar doenças bucais, desta forma, foi realizado um estudo de coorte prospectiva, conduzido no Hospital das clínicas da FMUSP, com o objetivo de avaliar a prevalência de manifestações orais associadas à COVID-19 e o impacto do microbioma oral na gravidade da doença.

As mostras orais foram coletadas de pacientes positivos para SARS-CoV-2. Após a extração das amostras de saliva, foi realizado o sequenciamento do gene 16S rRNA, na plataforma Ion Torrent PGM (Life Technologies, USA). E as análises de diversidade alfa e beta foram conduzidas utilizando o programa R. Dados clínicos foram coletados do prontuário eletrônico. O modelo de regressão logística múltipla fora construído para avaliar a associação entre a diversidade da microbiota e os desfechos de gravidade.

O estudo incluiu 125 pacientes, e após análise, 115 amostras foram incluídas. A maioria dos pacientes era do sexo feminino (54,8%), a idade média foi de 55,4 anos. Cerca de 59,1% dos pacientes estavam em UTIs, 87,2% em uso de antibióticos e 18,3% evoluíram para óbito. Os frequentemente usados foram as cefalosporinas de terceira geração (35,7%), Piperacilina/tazobactam (27%) e Glicopeptídeo (21,7%). Os filos mais abundantes foram Firmicutes, Proteobacteria e Bacteroidetes, representando 86,3%. A análise de diversidade revelou diferenças estatística na gravidade (Shannonp = 0.05), presença de lesões orais (Shannonp = 0.05), uso de antibióticos (Shannonp = 0.04) e oxigenoterapia (Observedp = 0.04). A análise de abundância diferencial identificou táxons específicos relacionados a cada variável, como Prevotella em pacientes graves e Staphylococcus em indivíduos com lesões orais. A regressão logística multivariável mostrou que a detecção do SARS-CoV-2 na cavidade oral e idade acima de 60 anos foram fatores de risco para a gravidade da doença.

Apesar do pequeno número de participantes com lesões na cavidade oral, diferenças significativas foram encontradas nas comunidades microbianas, principalmente no gênero Staphylococcus, comumente encontrado na boca e associado a doenças bucais. Foi observada diferença estatística na diversidade alfa e beta, no gênero Prevotella, quando comparado a gravidade dos pacientes. Esses achados podem ser uteis para futura modulação do microbioma.