A replicação do SARS-CoV-2 é feita pela RNA-polimerase, uma enzima que pode introduzir mutações ao acaso, que podem ser neutras, deletérias ou benéficas ao vírus. Devido ao alto custo do sequenciamento genômico, a utilização de genotipagem por RT-PCR torna-se um método rápido de rastreamento de variantes de preocupação.

Amostras positivas por RT-PCR para o gene N1/N2 do SARS-CoV-2 com CTs < 25 foram retestadas para a presença de mutações chaves de cada variante. Para demonstrar a evolução temporal das variantes, as amostras foram divididas em 7 grupos correspondente a 7 semanas. Foi utilizada RT-PCR com sondas TaqMan LNA específicas para determinadas mutações, em formato multiplex ou individuais: α69/70 (variante alfa); K417; K417T (P.1, gama) e T478K (delta). Os dados foram analisados pelo teste de Qui quadrado de Pearson (χ2). Para as análises estatísticas, utilizou-se o software SPSS para Windows, versão 25.0.0.0.

Foram analisadas 627 amostras, no período de 27/8 à 08/9 de 2021, com 47, 119, 126, 92, 106, 51 e 95 amostras em cada semana, respectivamente. A RT-PCR para variantes alfa, K417 e P.1 demonstrou a presença de P.1, respectivamente, em 31(66%), 58(49%), 49(39%), 19(21%), 11(10%), 0(0%) e 3(3,1%) amostras, sendo que não foi detectada a presença da variante alfa e beta (K417N). Após análise de uma amostragem de cada semana, para avaliar a presença da variante delta (excluídas as amostras positivas para P.1), foram testadas 10, 19, 25, 22, 36, 36, 60 amostras, onde 80%, 95%, 92%, 95%, 50%, 88% e 95% tiveram a confirmação para delta, não sendo detectada a mutação K417N nestas amostras, excluindo a presença de delta plus. O teste χ2 mostrou que existe uma associação que difere as amostras com mutação 417 e sem mutação 417, tendo como valor de p < 0,001, com valor de grau de associação de V de cramer de 47,3%. Os resíduos ajustáveis demonstraram que nas semanas 1, 2, 3 e 4 havia mais amostras P.1, diminuindo nas semanas seguintes com aumento proporcional da variante delta.

A RT-PCR descrita em tempo real demonstrou, em nossa área de atuação, a substituição gradativa da variante P.1 pela variante delta que, desde a semana 1, já estava presente em quantidade notável. A RT-PCR para mutações chaves de cada variante é um método custo-efetivo, rápido e eficaz para rastreamento, permitindo analisar grande quantidade de amostras, e melhor direcionar as que necessitam confirmação por sequenciamento completo.