Apesar do padrão-ouro no diagnóstico do SARS-CoV-2 por RT-qPCR ainda ser atribuído à análise de secreções naso-orofaríngea coletadas com swab de rayon, a utilização da saliva pode trazer inúmeros benefícios para a testagem, facilitando a coleta e minimizando custos. Estudos já relataram que ambos os métodos de coleta são equivalentes no diagnóstico, mas nem sempre há correspondência entre os “cycle threshold” (CT), constante que reflete indiretamente a quantidade de vírus presente na amostra.

Verificar o desempenho diagnóstico de amostras obtidas a partir de secreção naso-orofaríngea e saliva, analisando os valores de CT e correlacionando-os com dados clínicos e status vacinal.

Foram avaliadas 648 amostras detectadas para SARS-CoV-2, provenientes da saliva e secreção naso-orofaríngea dos mesmos indivíduos, coletadas no mesmo dia. Aquelas coletadas em um intervalo de tempo maior, não foram excluídas, mas não foram pareadas na comparação entre os CT. Na predição de prognóstico, foram realizadas comparações independentes entre as variáveis e os CT dos dois tipos de amostras. Foram utilizados na análise o Teste T-pareado, Anova seguido de Tukey e correlações de Spearman. Para extração do RNA viral de modo automatizado usou-se a metodologia in house baseada em beads magnéticas seguida por RT-qPCR (kit Gene Finder™ 2019-nCoV Assay). Dados clínicos foram extraídos dos sistemas de vigilância epidemiológica do município (E-sus, SIVEP-Gripe e Vacivida).

Prevaleceu entre os incluídos, o sexo feminino (63,8%) e assintomáticos (78,9%), com idade média de 45,6 ± 17,3 anos. A média de CT foi maior nas amostras de secreção (19,67 ± 4,92) em relação a saliva (26,54 ± 5,06, p < 0.001), no entanto, correlação positiva entre os CT de ambos os métodos (p < 0,001) mostrou a equivalência na acurácia do diagnóstico. Somente as amostras salivares mostraram correlação direta entre CT com quantidade de doses de vacina (p = 0,029) e inversa com o tempo de hospitalização (p = 0,005). Para os casos de óbitos (5,56%), houve uma tendência crescente em relação com o baixo CT (p = 0,061). Demais parâmetros não apresentaram diferenças.

Foi observado que a vacinação contribui para a menor carga viral inferida pelo maior valor de CT e que a utilização da saliva no método de detecção de SARS-CoV-2 é uma alternativa sensível, com melhor custo-benefício e preditora de evolução clínica, sendo, portanto, recomendada para testes de vigilância de Covid-19.