A pandemia por Covid-19 afetou gravemente a saúde em todo o mundo e levou ao uso excessivo de antimicrobianos e impacto nas medidas de prevenção de infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS). O objetivo deste estudo é avaliar o perfil microbiológico de IRAS de acordo com as ondas de Covid-19.

Estudo tipo coorte histórico, realizado em hospital universitário, São Paulo. Foram avaliadas a evolução do perfil microbiológico e de resistência das ICS-CVC e as infecções pulmonares em UTI. O estudo foi divido em 7 fases de acordo com as ondas da covid-19 em São Paulo: base (jan/2019-fev/20), 1ª onda (mar-ago/20), pós-1ª onda (set-dez/20), 2ª onda (jan-jul/21), pós-2ª onda (ago-dez/21), 3ª onda (jan-mai/22) e pós-3ª onda (jun/22-mar/23). O perfil microbiológico foi analisado por 10.000 pacientes-dia e a resistência antimicrobiana em frequência. As seis fases após primeiro caso de Covid-19 foram comparadas com a fase base.

Em episódios de ICS-CVC foram identificados 310 patógenos e 636 em infecções pulmonares. Entre as infecções pulmonares, observamos aumento da incidência de K. pneumoniae (8,51 vs 27,08 p = 0,018) e P. aeruginosa (4,05 vs 9,52, p = 0,029) na 1ª onda da covid-19. Na 2ª onda, também observamos aumento da incidência de A. baumannii (4,37 vs 13,06, p < 0,001), Acinetobacter spp (1,09 vs 4,66, p = 0,015), além de K. pneumoniae e P. aeruginosa. Na 3ª onda, manteve-se o aumento da incidência de A. baumannii, Acinetobacter spp e K. pneumoniae. Foi observada redução importante da incidência de S. aureus (7,67 vs 0,92, p = 0,020). Após a 3ª onda, as incidências de A. baumannii, Acinetobacter spp. e K. pneumoniae retornaram a valores do período base. Mantivemos aumento da incidência de P. aeruginosa e redução da incidência de S. aureus. Nas ICS-CVC, observamos aumento da incidência de C. albicans na 2ª onda (1,09 vs 5,99, p < 0,001), S. aureus (1,85 vs 4,44, p = 0,033) e BGN não-fermentadores (0,00 vs 4,23, p = 0,041). Entre os BGN, tivemos aumento da resistência aos carbapenêmicos na 1ª e 2ª onda (45,7 vs 57,3%, p = 0,047, e 61,8%, p = 0,001). No geral, observamos aumento da resistência às cefalosporinas e à amicacina a partir da 1ª onda.

a covid-19 foi associada a aumento da incidência de BGN nas infecções pulmonares. Nas ICS-CVC, o aumento na incidência de Candida albicans ocorreu na 2ª onda. Também observamos aumento da taxa de resistência a meropenem, cefalosporinas e amicacina a partir da 1ª onda da covid-19.