O vírus da dengue (DENV) é um vírus RNA de sentido positivo pertencente ao gênero Orthoflavivirus, transmitido principalmente pelos mosquitos do gênero Aedes. Existem quatro sorotipos de DENV (DENV1, DENV2, DENV3 e DENV4), cada um com antigenicidade e filogenia distintas. Todos os quatro sorotipos podem causar uma doença com sintomas semelhantes, assim como outras arboviroses. Recentemente, tornaram-se disponíveis ensaios comerciais de qPCR para a detecção do DENV, bem como métodos multiplexados que permitem a detecção simultânea com outros arbovírus como Chikungunya e Zika. Esses métodos apresentam excelente sensibilidade e especificidade diagnóstica, melhorando significativamente a capacidade de diagnóstico. No Brasil, até o mês de maio, foram registrados 4.603.825 casos prováveis de dengue, com 2.451 desses casos evoluindo para óbito. Este número alarmante ressalta a importância de um monitoramento eficaz e contínuo. O monitoramento dos genótipos dos vírus circulantes por sequenciamento é importante por vários motivos, como: variantes patogênicas, levantamento epidemiológico da doença e surgimento de novas linhagens.

O presente estudo analisou por Metagenômica de RNA o genoma do vírus da Dengue de cinco pacientes, dos quais quatro estavam internados no nosso serviço.

Os pacientes foram diagnosticados através de qPCR e sorologia. Após a extração de RNA, essas amostras foram submetidas a amplificação randômica, preparo de bibliotecas e sequenciamento de nova geração (NGS). Para as análises de Bioinformática um pipeline próprio foi aplicado para categorizar os sorotipos e genótipos.

Dos cincos pacientes sequenciados, quatro foram identificados como DENV1 - Genótipo V com uma média de cobertura horizontal de 86,2%; e o quinto caso identificado com DENV2 – Genótipo II (Cosmopolitan) apresentando cobertura horizontal de 67%.

Os nossos dados são corroborados com base nas análises durante o surto, sobre a predominância dos sorotipos de DENV1 e DENV2. O vírus DENV2 – Genótipo II (Cosmopolitan) é um genótipo emergente, sendo sequenciado pela primeira vez no ano de 2022. Com relação a baixa cobertura horizontal apresentada pelo sorotipo DENV2 – Genótipo II (Cosmopolitan), pode ser explicada pela baixa carga viral. O monitoramento epidemiológico dos sorotipos de Dengue se faz necessário para acompanhamento da doença, bem como avaliar possíveis novos surtos por outros sorotipos.