A diversidade genômica e filogenética de Cutibacterium acnes tem sido identificada como potenciais marcadores de patogenicidade. Analisamos os isolados de C. acnes obtidos de amostras clínicas, para investigar suas características genéticas e filotípicas.

No total, 11 cepas de C. acnes foram identificados em amostras de tecidos profundos (bursa, osso e sinóvia) de pacientes submetidos a cirurgias limpas primárias de ombro que foram acompanhados prospectivamente por 2 anos. Os isolados foram submetidos a técnica de sequenciamento genômico completo (WGS) para identificar marcadores genômicos relevantes (genes de biofilme, resistência e patogenicidade). O DNA bacteriano foi purificado usando o kit ZymoBIOMICS DNA Miniprep e a concentração foi medida fluorímetro Qubit® 2.0. O sequenciamento foi realizado com o Ion torrent v2.0 da Thermo Fisher e todas as reações de sequenciamento seguiram as recomendações do fabricante. As sequências geradas foram então montadas, anotadas e analisadas de acordo por ferramentas de bioinformática.

O genoma completo dos isolados de C. acnes (todos multissensíveis) pertencem a quatro tipos diferentes de filotipo (IA1, IA2, IB and II) e quatro subtipos diferentes de SLST (H1, F1, A1 e K1), sendo que o H1 (tipo IB ST5 CC5) foi predominante em 72,7% (8/11). Em um paciente, foram identificadas duas cepas com filotipos diferentes, o tipo II (K1) e outro ao tipo IA2 (F1), sugerindo policlonalidade. Os seguintes genes marcadores de patogenicidade foram identificados, a lipoproteína LpqB, a chaperonina GroEL, os fatores de elongamento EF-Tu, EF-G e o fator CAMP, associados à produção de biofilme. Interessantemente, não foram detectados genes de fatores putativos de virulência, como tly e hyl, genes de resistência bacteriana e tampouco a presença de plasmídeos. Nenhuma infecção foi detectada no seguimento dos pacientes.

Nossos resultados preliminares permitem concluir que os isolados de C. acnes são policlonais e possuem poucos marcadores de patogenicidade, além de genes formadores de biofilme. Mesmo prevalecendo os filotipos mais associados às infecções em implantes ortopédicos (IB e II), estes achados reforçam a possibilidade destas cepas serem provenientes da pele ao redor do campo operatório e terem sido inoculados durante o ato operatório. Sugerimos que a decisão de tratamento antibiótico nesta situação deve ser baseada em conjunto com a presença de sinais e sintomas de infecção.