Em 2020, a OMS tornou prioridade o combate contra a disseminação de patógenos com mecanismos de resistência antimicrobiana, especialmente Enterobactérias, tais quais Klebsiella pneumoniae, um patógeno de alta prevalência em infecção relacionadas a assistência à saúde, principalmente em locais com condições de vulnerabilidade sanitária e recursos escassos na saúde pública como um todo, como a região Amazônica.

Realizar a caracterização fenotípica e genotípica de um isolado clínico de K. pneumoniae produtor de NDM e KPC de um hospital localizado na Amazônia Brasileira.

A amostra de K. pneumoniae foi isolada em 2021 do swab retal de um paciente pediátrico em um hospital público na cidade de Belém, Pará. O isolado foi encaminhado a partir da identificação realizada pelo LACEN-PA para o Instituto Evandro Chagas. Realizou-se a microdiluição em ágar para determinar a Concentração Inibitória Mínima e o Sequenciamento de Genoma Total pelo Termo Fischer Ion GenStudio TM S5 Plus. As análises de bioinformática foram feitas com Sickle, SPAdes, Gap2Seq, Scaffolder, Medusa e Prokka. A análise funcional foi realizada utilizando o PlasmidFinder, CARD, Resfinder, PHASTER, Pathogen Watch e VFDB.

O isolado apresentou resistência a todas as 12 drogas testadas, e resistência intermediária a tetraciclina. O genoma montado apresentou 5.7 MB, 5.605 regiões codificantes, quatro profagos intactos e seis plasmídeos. O Multi Locus Sequence Type tipado foi o Sequence Type (ST) 11, que faz parte do CC258, que é de alto risco de disseminação. Para os resultados de virulência, foram preditos genes das fímbrias do tipo 1 e 3, do sideróforo yersiniabactin e do SST6 subtipos 1 e 3. O tipo capsular foi considerado desconhecido e o antígeno O foi o O1/O2v2. Além das carbapenemases NDM-7 e KPC-2, foram encontradas as ESBL CTX-M-15, SHV-182, TEM-1, OXA-1 e 9 e outros genes de resistência.

A presença de carbapenemases em elementos genéticos móveis é um alerta para a saúde pública como um todo, principalmente quando encontrada em K. pneumoniae de um ST de alto risco de disseminação e com mecanismos de resistência concentrados em seu aparato genético. A vigilância sanitária em saúde pública é essencial para realizar o rastreio desses patógenos e com auxílio de ferramentas genômicas pode tornar-se fundamental no combate a difusão de superbactérias em ambientes hospitalares.